Эта часть метода эффектов имеет свою структуру. Она включает объекты, с которыми проводится исследование, и операции над этими объектами. В простом, базисном виде эта структура состоит из агента и его воздействия на другой объект, объекта воздействия и его реакции, реагента и воплощенного в нем эффекта. И.Ньютон использовал этот метод для определения состава луча света. В его знаменитом эксперименте агентом был луч света, объектом воздействия — оптическая призма, реагентом — расщепленный на отдельные цвета свет, а эффектом — факт расщепления.
Для проведения мыслительных операций важно четко различать эффект и реагент. Эффект — это событие, изменение, которое происходит с агентом или объектом воздействия. Реагент — объект, явление, с которым происходит это событие, изменение. Он является носителем, субстратом последних. В эксперименте Ньютона реагентом оказался сам агент, но уже отреагировавший соответствующим образом на действие призмы и принявший вид спектра из нескольких цветных полос.
Эта структура имеет место и в эксперименте М.Фарадея из области магнитооптики (1845 г.). Агентом в данном случае выступал магнит, объектом воздействия — свет, реагентом — плоскость поляризации света, а эффектом — вращение этой плоскости. Голландский физик Питер Зееман в 1896 г. сходным методом получил новый впечатляющий результат в этой же области. Воздействуя магнитным полем на пламя натриевой горелки, он смог расщепить спектральную линию натрия. По такой же схеме, но уже в другой области действовали в Манчестере сотрудники Резерфорда Ханс Гейгер и Эрнест Марсден (1908 г.). Избрав в качестве агента поток альфа-частиц, они бомбардировали ими тонкую золотую пластинку. Следствием этого был неожиданный эффект, расходившийся с существовавшими представлениями об атоме: некоторые частицы сильно отклонялись в сторону или даже отлетали обратно.
Структура эмпирической части метода эффектов может иметь и усложненную форму. Это бывает в тех случаях, когда присутствуют, например, два объекта воздействия или два реагента. Так, Ньютон в своих экспериментах с солнечным светом сначала использовал одну призму и получил разделенный на отдельные цвета луч света, а затем позади первой призмы поместил вторую и получил новый эффект — вновь воссоединенный в один одноцветный пучок луч света. Структура метода может быть и сильно усложненной, когда объектов воздействия и реагентов оказывается значительно больше двух. Примерами этого являются опыты по изучению деятельности центральной нервной системы с использованием метода безусловных и условных рефлексов (И.П.Павлов). В случае безусловного рефлекса эта структура имела такой вид: пища (агент) — полость рта (объект воздействия) — нервные импульсы этой полости (реагент, выступающий в роли нового агента) — пищевой центр в мозгу (новый объект воздействия) — нервные импульсы из этого центра (новый реагент, выполняющий функцию еще одного агента) — слюнные железы (следующий объект воздействия) — выделения слюны (эффект). Во втором случае цепь составляющих ее элементов еще больше удлиняется, поскольку добавляются условный раздражитель, а также зрительный или слуховой центры и исходящие из них новые нервные импульсы (новые реагенты).
Структура метода эффектов многопланова. В ней выделяются операциональный план, логический и интенциальный. Операциональный план включает как действия исследователя с агентом, объектом воздействия и реагентом, так и воздействия самих реагентов на соответствующие объекты. Важной чертой структуры является связанность всех компонентов и операций с ними в единое целое. Эта связанность обеспечивается прежде всего отношением детерминации между элементами структуры. Но кроме данного отношения между этими элементами существуют и другие, весьма значимые для целей познания связи и отношения — сходства, различия, определенной последовательности, соразмерности, сопряженности, согласованности, симметрии и асимметрии, корреляции. Совокупность всех этих отношений и прежде всего каузальная связь между компонентами образуют логический план структуры метода. Исследовательская мысль опирается именно на эти связи и отношения, когда на основе сведений об одних элементах и их характеристиках делают заключения о других.
Интенциальный план составляют характеристики, связанные с субъектом исследовательского процесса, а именно его цели, намерения, установки, ожидания, которыми он руководствуется, выполняя те или иные операции в ходе использования данного метода. От этих характеристик, от их адекватности в огромной степени зависит успех познавательного акта.
Целью мыслительной работы после завершения эмпирической части метода могут быть разные компоненты рассматриваемой структуры — и агент, и объект воздействия, и реагент.
