Благодаря церкви дискуссия о душе вышла за пределы «академических» кругов и втянула в свою орбиту сильных мира всего. Сам Наполеон Бонапарт вмешался в нее и потребовал от австрийского императора выслать Галля из Вены. В 1802 году главе френологической школы пришлось покинуть родной город. Позже, потеряв трон и сам оказавшись в пожизненной ссылке, Наполеон захотел оправдаться перед потомством и, перечисляя свои заслуги перед человечеством, не забыл напомнить, что именно он способствовал прекращению пропагандистской деятельности Галля.
Несмотря на гонения церкви и участие в этом глав крупнейших европейских государств, френология нашла своего потребителя в лице реакционных представителей правящего класса. Она одинаково годилась как для подтверждения их исключительности, так и для увековечения своей власти над беднейшими и «неполноценными» представителями трудящихся.
В эпоху становления капитализма в Европе френология дала толчок к использованию в криминалистике внешних признаков людей для подтверждения или отклонения врожденных преступных наклонностей. Основатель учения о врожденной преступности итальянский антрополог и криминалист Чезаре Ломброзо утверждал, что вырождение мозга, с одной стороны, приводит к психическим аномалиям, а с другой — проявляется в ряде внешних признаков, таких, как уродство в строении ушей, зубов, половых органов, неправильность черепа, выпячивание нижней челюсти, возникновение «заячьей губы», чрезмерная волосатость, и других нарушениях и диспропорциях телесных форм. Совокупность внешних уродств и психических аномалий якобы создает тип «прирожденного преступника», самой природой предназначенного совершать злодейские поступки, а потому и неисправимого. От людей такого типа Ломброзо требовал социальной защиты, которая должна была применяться задолго до совершения ими преступления, чтобы уберечь общество от нанесения ему вреда. Он считал, что внешние признаки дают основание применять к их обладателям такие меры, как высылка на необитаемые острова, пожизненное заключение или смертная казнь, а также кастрация, чтобы избежать появления новых потенциальных преступников.
Теория Ломброзо не получила признания. Ее несостоятельность давно доказана. Тем не менее в некоторых штатах США был в свое время принят закон о принудительной стерилизации людей, совершивших тяжелые преступления.
Несмотря на фантастический донаучный характер представлений Галля о функциях мозга, они сыграли и некоторую положительную роль, привив анатомам любовь к точным измерениям при изучении и описании органов и частей тела. Идеи о «мозговых центрах» выдержали гонения, обрушившиеся на их автора и, надолго пережив френологию, в измененном виде частично используются и современной наукой.
Активная пропагандистская деятельность Галля привлекла внимание к функциям мозга. Вскоре после опубликования им своих френологических домыслов стали известны исследования французского физиолога и врача М. Флуранса. Большую часть экспериментов он осуществил на голубях и курах, удаляя у них отдельные участки мозга и наблюдая за изменением поведения. Флуранс смог убедиться, что через некоторое время после операции поведение птиц восстанавливалось, независимо от того, какие районы поверхности мозга были у них повреждены. Проведя большую серию экспериментов, он пришел к выводу, что серое вещество поверхности полушарий (сам Флуранс считал его корой больших полушарий) является местом обитания души, или «управляющего духа».
Результаты экспериментов на голубях, казалось бы, полностью перечеркивали домыслы Галля. Флуранс считал, что если мозг и является сложным органом, состоящим из многих самостоятельных блоков, то кора больших полушарий действует как единое целое и вся ее масса «однородна и равноценна, как масса любой железы, например печени».
Чтобы окончательно убедиться в своей правоте, Флуранс провел на петухах еще одну серию удивительных опытов. Он перерезал у них на одном крыле два нерва: один — идущий к мышцам-разгибателям, а другой — к мышцам-сгибателям, а затем вшивал их, но намеренно перепутав концы. В результате идущий от мозга нерв-разгибатель оказался сшит с обрывком нерва-сгибателя, а нерв-сгибатель — с обрывком разгибателя. Нервы легко срастаются, и по прошествии определенного времени функция крыла восстановилась. Эти наблюдения, казалось бы, должны были свидетельствовать о том, что тот участок мозга, который дает команды мышцам-сгибателям, с таким же успехом может командовать и разгибателями.
Флуранс был серьезным ученым и каждый свой вывод подтверждал данным собственноручно проведенных экспериментов и наблюдений. Однако сделанные им выводы в дальнейшем не подтвердились. Мозг птиц во многом отличается даже от мозга низших млекопитающих, тем более от человеческого. То, что он принимал за кору больших полушарий, являлось совершенно другой мозговой структурой. Она действительно работает как единое целое, тогда как кора больших полушарий высших млекопитающих, и особенно человека, состоит из отделов, выполняющих присущие только им функции.
Спор между сторонниками Галля и Флуранса был весьма плодотворным. Он толкал на проведение все новых и новых исследований и способствовал дальнейшему развитию физиологии, изучению функций отдельных структур мозга. Ученые конца XVIII — начала XIX века подорвали веру в существование непознаваемой души и поставили на очередь вопрос об изучении деятельности мозга, который уже нельзя было рассматривать как седалище нашей психики, каким его до того считали, — он получил статус ее творца.
