Самым крупным анатомом со времен Галена стал Андрей Везалий (1514—1564). Он начал свое образование в Париже, а закончил в Падуе. В университетах Европы анатомию изучали по рисункам, в крайнем случае — на трупах животных, а вскрытия человеческих тел если и делались, то чрезвычайно редко и не самими анатомами, а служителями или цирюльниками. Везалий со студенческих лет старался участвовать во вскрытиях. В Падуе, где он остался преподавать после окончания университета, анатомические исследования оказались возможными. В короткий срок, всего за шесть лет, он подготовил и опубликовал труд «О строении человеческого тела» по описательной и топографической анатомии человека, состоящий из семи книг. По сравнению с работами Галена это был серьезный шаг вперед. Везалий не критиковал классика анатомии, но старательно уточнял его данные, а главное — исправлял допущенные им ошибки. Их было немало: Везалий обнаружил 200 мест, где мнение Галена расходилось с действительностью. В этом нет ничего удивительного — ведь вскрывать человеческие трупы Галену практически не приходилось. Он вынужден был ограничиваться лишь непосредственным изучением животных.
Книга Везалия вызвала бурю протеста. Особенно негодовали коллеги молодого ученого — маститые анатомы. Их возмущало, что «мальчишка», а Везалий действительно стал профессором в 23 года, смело опровергал взгляды Галена, которым профессора настолько свято верили, что у них даже мыслей не возникало о возможности проверки. Особенно неистовствовал первый учитель Везалия профессор Якоб Сильвий. Он написал на своего бывшего ученика злобный памфлет. Насколько профессор был оскорблен, видно уже из названия этого сочинения — «Опровержения клевет некоего безумца на анатомию Гиппократа и Галена, составленные Якобом в Париже».
Сильвий так ожесточился на своего ученика, что не ограничился публикацией пасквиля. Страшно подумать, но он взял на себя смелость обратиться с жалобой на Везалия к самому монарху — испанскому королю и императору Священной Римской империи Карлу V. Сильвий обеспокоил Карла не только как верховного владыку, но и как лицо, косвенно ответственное за действия новоиспеченного еретика. Дело в том, что Везалий родился в семье придворного аптекаря и вырос при дворе Карла V. «Я умоляю Царское Величество, — писал Сильвий, — жестоко побить и вообще обуздать это чудовище невежества, неблагодараности, наглости, пагубнейший образец нечестия, рожденное и воспитанное в его доме, как это чудовище того заслуживает, чтобы своим чумным дыханием оно не отравляло Европу…»
К общей кампании травли Везалия присоединилась и церковь. Сама по себе критика анатомии Галена, принятой церковью, вела к подрыву ее авторитета. Кроме того, в сочинении Везалия были отдельные места, непосредственно затрагивающие каноны христианства. Например, согласно библейской легенде о происхождении людей, первого человека, нашего прародителя Адама, бог слепил из глины, из праха земного, а для создания Евы ему почему-то понадобился более качественный материал — Адамово ребро. Следовательно, у Евы был полный набор ребер — по 12 штук с каждой стороны груди, а у Адама 23, на одно ребро меньше. Согласно представлениям церкви, аналогичное число ребер имеют все потомки Адама и Евы, мужчины — 23, женщины — 24. Между тем Везалий утверждал, что, исследовав скелеты десятков людей, он не встретил ни одного мужчины с меньшим числом ребер, чем у женщин.
Еще более принципиальным был вопрос о существовании в организме человека особой косточки, которая не горит в огне, не подвержена тлению и вообще не может быть уничтожена, так как предназначена всевышним для того, чтобы с помощью таинственной силы в день страшного суда человек мог воскреснуть и предстать перед господом богом. Естественно, ничего подобного Везалий не обнаружил, но, отлично понимая, насколько опасно дразнить инквизицию, заявил, что решить вопрос о существовании косточки должны богословы.
Несмотря на то, что Везалий был осторожен в формулировках, стараясь по возможности не вызывать раздражения богословов, обстановка вокруг него накалялась. Церковь, вначале просто присоединившаяся к травле, постепенно брала дело в свои руки. Везалий правильно оценил, чем ему это грозит, и покинул некогда гостеприимную Падую. Оставив университет, он отправился в Брюссель, где тогда находился двор Карла V. Незадолго до этого Везалий получил от императора приглашение занять место придворного лекаря. Карл беспрерывно воевал с Францией, которую поддерживал папа, а потому так своеобразно отреагировал на жалобу французского ученого и действия католической церкви.
При дворе Карла V Везалий находился в полной безопасности, зато с наукой пришлось покончить. Здесь для этого не было необходимых условий. Единственным светлым моментом стало второе издание его анатомического трактата. Наученный горьким опытом, он посвятил его «божественному», «величайшему», «непобедимому императору», а изданное чуть позже «Эпитоме», извлечение из этого труда, — «светлейшему принцу Филиппу, наследному сыну божественного Карла V, великого и непобедимого императора».
К сожалению, подобострастие Везалия, принятое в то время по отношению к сильным мира сего, не спасло его. Под воздействием обстоятельств Карл вынужден был отречься от престола и уйти в монастырь. Испано-нидерландский престол занял Филипп, не питавший к Везалию, как и к остальному человечеству, никаких добрых чувств. При Филиппе вновь было категорически запрещено вскрытие трупов, и для Везалия никто не собирался делать исключения. Теперь он был полностью лишен возможности хоть изредка заниматься наукой. А вскоре церковь нашла повод свести с ним счеты. На ученого было состряпано ложное обвинение в том, что он анатомировал живого человека. Приговор по тем временам не мог показаться особенно тяжелым — Везалий во искупление грехов должен был всего лишь совершить паломничество в «святые места» ко гробу господню. Однако в Европу он больше не вернулся, Везалий умер во время своего долгого путешествия.