Системный принцип деятельности мозга — принцип изучения мозга как многоуровневой, иерархической организованной системы, состоящей из взаимосвязанных компонентов — мозговых структур. Понимание физиологических основ психических процессов развивалось по двум направлениям: одно представляло психику как результат недифференцированной деятельности мозга, другое, основывающееся на экспериментальных данных о роли его различных структур в той или иной деятельности, подчеркивало локальный характер мозгового обеспечения психических процессов. Вместе с тем в отечественной физиологии, начиная с И.М. Сеченова, формировалось представление об интегративном системном характере деятельности мозга, к котором учитывалась и специфическая роль отдельных структур, и их динамическое взаимодействие в целостном функционировании мозга как базы психических процессов.
Положения о системной организации деятельности мозга получили продолжение в принципе доминанты А.А. Ухтомского и теории функциональных систем П.К. Анохина, а также в трудах А.Р. Лурия широко известного, как основоположника нейропсихологии.
Сложность и динамичность системной организации мозговой деятельности определяется высокой специализацией нервных элементов, с одной стороны, и широко развитой пластичной системой связей между ними, — с другой.
Особенности системной организации мозговой деятельности на разных этапах онтогенеза, обусловленные степенью зрелости и характером взаимодействия нервных центров, определяют возрастные различия мозгового обеспечения психических процессов. Системная организация мозговой деятельности является одним из важнейших факторов, определяющих индивидуальность человека. В современной психофизиологии индивидуальность рассматривается как многоуровневая система, в которой базовым нейрофизиологическим механизмом, имеющим индивидуальную специфику, как на нейронном уровне, так и на уровне мозговых структур и их взаимодействия, принадлежит существенная роль.